زائران بسياري از برخی نقاط جهان اسلام براي توّسل و درخواست شفاعت به سوي اين بزرگوار مي شتابند تا در پناهش در آرامش زندگي کنند. اين امامزاده در مهندسي فرهنگي و انتقال معنويت و معارف شيعي در شهرستان نقش موثري ايفا مي نمايد.
مهاجرت سادات حسني و حسيني به ايران از همان صدر اسلام به جهت حاکميت فشار و اختناق اُموي به ويژه در عهد حجاج بن يوسف (75-95 هـ .ق) و تسلط او بر عراق آغاز شد و در دوره خلفاي عباسي افزايش يافت. (فجري، 1391: 21) اين بزرگواران در سراسر ايران پراکنده اند و مدفون و مورد توجه و زيارتگاه اهالي محل شده اند و در هر شهر و دياري به نام و لقبي معروف مي باشند. در شهرهاي ايران اين بقاع متبرکه به يکي از نام هاي امامزاده، شاهزاده، شاه، سيد، پير، بابا و معصوم اشتهار يافته اند. (همايي شيرازي اصفهاني، 1390: 22-23) در واقع در سراسر ايران از کوچکترين آبادي با چند خانوار جمعيت گرفته تا بزرگترين شهرها مکاني را نمي توان يافت که امامزاده اي نداشته باشد و کعبه آمال اهالي آن محل نباشد. (همايي شيرازي اصفهاني، 1390: 23)
مردم خميني شهر همواره در طول تاريخ ارادت خاصي به سادات و ذريه رسول اکرم (ص) داشته اند به طوري که چندين امامزاده به اين منطقه پناه آورده اند و در کنار اين مردم زندگي کرده اند و عاقبت به مرگ طبيعي يا به دست حکام ظالم عباسي به شهادت رسيده اند. اين امامزاده ها اغلب نسبشان به حضرت امام سجاد (ع) و يا حضرت موسي بن جعفر (ع) مي رسد.
امامزاده محمد بن زيد بن علي بن حسين با توجه به نسبش در قرن سوم هجري مي زيسته است. به نظر مي رسد او پس از کشته شدن پدرش، هجرت از ديار خويش را بر اساس آيه «ألَم تَکُن أرضُ اللهِ واسِعَةً فَتُهاجِرُوا فيها؛ مگر سرزمين خدا، پهناور نبود که مهاجرت کنيد؟» (سوره نساء، آيه 97) بر مي گزيند و در عراق عجم در منطقه ماربين محله خوزان ساکن مي شود. بنا به اعتقاد خادمين باسابقه زيارتگاه، شجره نسب اين بزرگوار بر روي پوستي چرمي تا چند دهه پيش موجود بوده ولي اکنون مفقود شده است. قرار گرفتن امامزاده در دامنه کوه و خارج از شهر باعث شده که در گذشته بارها مورد سرقت قرار بگيرد. به تازگي شجره نسبي از نوادگان اين بزرگوار به دست مسوولان امامزاده رسيده که تحت بررسي است.
در رابطه با چگونگي زندگي و شهادت اين بزرگوار روايت هاي بسياري وجود دارد. بنا به گفته معتمدين که آنها نيز از پدرشان شنيده اند؛ سيد محمد در سده به هدايت و رفع مشکلات معنوي مشغول بوده و پس از چند سال به دست ماموران حکومتي خليفه وقت به شهادت مي رسد. تا چندين سال مردم از محل دفن ايشان اطلاعي نداشتند تا اين که پناهندگي آهويي به حريم پاک امامزاده باعث کشف مزار امامزاده سيد محمد (ع) مي شود. از آن پس مزار محمد بن زيد (ع) به عنوان يک مکان متبرک مورد توجه مردم قرار گرفت و به مرور زمان براي آن، بقعه و بارگاهي ساخته شد.
بايد گفت در کنار امامزاده سيد محمد، بزرگواران ديگري از جمله آيت الله حاج شيخ رمضانعلي املايي(ره) و آیت اله احمدی امام جمعه و نماینده مردم خمینی شهر در مجلس اول به خاک سپرده شده اند. (اسامی بزرگان مدفون در این مکان مقدس در گزارشی جداگانه در شماره 118 فرصت به چاپ رسیده است.) همچنين پس از آغاز جنگ تحميلي، بيش از 635 شهيد از خميني شهر در گلزار شهداي این امامزاده دفن شده اند.