در شهرستان خمینی شهر چندین حوزه علمیه ویژه خانم ها و چند حوزه مخصوص آقایان مشغول فعالیت می باشند.

مدرسه علمیه الزهرا، حضرت زهرا و فاطمه الزهرا، فاطمیه، رضوی و حوزه علمیه خواهران کوشک به تربیت طلاب زن پرداخته و حوزه های علمیه مشکات و جواد الائمه و امام محمد باقر هم در زمینه تربیت طلاب مرد مشغول به فعالیت می باشد در این بخش این حوزه ها معرفی می گردند.