آنها نسبت به عدم مدیریت صحیح موسسه عالی پالایش انتقاد دارند و این عدم مدیریت صحیح سبب بروز مشکلات متعددی برای دانشجویان این موسسه شده است.
در این نامه مکتوب آمده است: عدم توجیه و بی‌اطلاعی مسوولان و کارکنان دانشگاه نسبت به امور آموزشی، برخورد نامناسب کارکنان موسسه، مفقود شدن اوراق امتحانی درس ریاضی دانشجویان رشته نفت، نامناسب بودن محل و مکان موسسه از جمله مشکلات دانشجویان این دانشگاه است.
بنابراین گزارش پذیرش بیش از ظرفیت دانشجو، ازدحام دانشجو در کلاس‌های درس، کمبود امکانات اولیه و تجهیزات مورد آموزشی، تاخیر در زمان تشکیل کلاس‌ها در هر ترم آموزشی، تشکیل کلاس‌های درسی کمتر از زمان استاندار و اعلام شده توسط وزارت علوم از جمله موارد دیگر مشکلات و نارسایی‌های این موسسه علمی است.
از جمله مواردی که در این نامه مکتوب خطاب به مسوولان وزارت علوم اطلاع‌رسانی شده است، کمبود و فقدان امکانات علمی و دانشگاهی مثل آزمایشگاه، سالن غذا خوری، عدم تشکیل کلاس‌های آزمایشگاهی با توجه به اینکه شهریه این واحد درسی به صورت کامل از دانشجویان دریافت شده، است.
به گفته یکی از دانشجویان این موسسه، دریافت مبالغی به عنوان هزینه‌های رفاهی و عدم اجرای تعهدات داده شده به دانشجویان در این رابطه، ناتوانایی علمی اساتید در آموزش دانشجویان از جمله  نارسایی آموزشی و علمی موسسه آموزش عالی خمینی‌شهر است.
به گزارش فارس، با توجه به تذکرات داده شده توسط مسوولان شهرستان از جمله پیگیری‌های کتبی نماینده مردم در مجلس برای حل مشکلات این موسسه تغییرات و اصلاح روش خواسته شده اجرایی و عملیاتی نشده است.
موسسه آموزش عالی غیرانتفاعی پالایش خمینی‌شهر زیر نظر وزارت علوم از سه سال قبل تاکنون با بیش از 500 نفر دانشجوی دختر و پسر بومی و غیربومی از سراسر کشور در حال فعالیت است.
اکثریت دانشجویان غیربومی این موسسه مخصوصا دختران از طریق خوابگاه‌های خود گردان و یا مورد توافق و با تایید مسوولان دانشگاه اسکان داده شده‌اند.
این موسسه در سه مقطع کاردانی، کارشناسی، کارشناسی ارشد در رشته‌های تخصصی مهندسی نفت، اکتشافات، ساخت تجهیزات نفتی، مهندسی شیمی، معماری، حسابداری و صنایع مهندسی شیمیایی و ایمنی صنعتی مشغول به تحصیل هستند.
بنابراین گزارش دانشجویان مقاطع مختلف از 300 هزار تومان تا 700 هزار تومان برای مقاطع کاردانی و کارشناسی و بیش از یک میلیون تومان برای رشته کارشناسی ارشد این دانشگاه  هزینه پرداخت می‌کنند.
دانشجویان این موسسه از مسوولان آموزش عالی وزارت علوم درخواست رسیدگی به مشکلات، اعزام تیم تحقیق و بازرسی و برخورد با مسوولان دانشگاه را به علت عدم خدمت‌رسانی مورد تعهد خود به دانشجویان این موسسه را دارند.
* هیچ نظارتی بر روند فعالیت دانشگاه پالایش خمینی‌شهر نمی‌شود
در این زمینه نماینده مردم خمینی‌شهر در گفت ‌وگو با خبرنگار فارس گفت: من شخصا به این نتیجه رسیده‌ام که از طرف مسوولان آموزشی استان و کشور هیچ نظارتی به جنبه‌های کیفی آموزشی دانشگاه پالایش خمینی‌شهر انجام  نمی‌شود.
محسن صرامی با اشاره به اینکه در ماه‌های گذشته دو مرتبه به صورت نامحسوس و بدون اطلاع قبلی از این دانشگاه بازدید کرده‌ام، اظهار کرد: عدم مدیریت صحیح و نظارت بر مسائل کیفی آموزشی مشکلات متعددی را برای دانشجویان این دانشگاه به وجود آورده است.
وی تصریح کرد: مدیریت دانشگاه پالایش خمینی‌شهر مدیریت پروازی است، مسوولان این موسسه فقط به صرف سرمایه‌گذاری و بدون هیچ اطلاعی از روش‌های سرمایه‌گذاری در بخش آموزشی اقدام به راه‌اندازی این موسسه آموزش عالی کرده‌اند.
این نماینده مجلس افزود: من به صورت کتبی و شفاهی اعتراض خودم به مسوولان وزارت علوم در این زمینه را اعلام کرده و با قاطعیت پیگیر حل مشکلات این دانشگاه هستم، اگر مشکلات این دانشگاه مرتفع نشود، اعلام خواهم کرد خمینی شهر نیازی به ادامه فعالیت این دانشگاه ندارد.
وی با اشاره به اینکه این دانشگاه زیر نظر دانشگاه اصفهان و وزارت علوم فعالیت می‌کند، گفت: از مسوولان آموزشی استان درخواست اعزام تیم برای تحقیق این دانشگاه را دارم، آنها تحقیق کنند که آیا در سال‌های گذشته آزمایشگاه‌های آموزشی رشته‌های مختلف در این دانشگاه برگزار شده و آیا خدمات لازم از نظر آموزشی و رفاهی و تغذیه دانشجویان ارائه می‌شود یا خیر.
صرامی با بیان اینکه از مسوولان مربوطه انتظار نظارت بیشتری بر این دانشگاه را دارم، گفت: تیم تحقیق و یا مسوولان آموزشی استان بررسی کنند که آیا در ازای شهریه‌های دریافتی خدمات لازم به دانشجویان ارائه می‌شود یا خیر، باید سطح رفاه دانشجویان و نیازهای خدماتی و آموزشی آنها در بخش‌های مختلف مورد ارزیابی قرار گیرد.