خمینی شهر از تعداد 37 مرغداری برخوردار است که بیشتر در شهر اصغرآباد و محلات دستگرد و جعفرآباد تمرکز دارند. کارشناس امور دام و طیور اداره جهاد کشاورزی در اینباره به خبرنگار فرصت آنلاین گفت: تعدادی از این مرغداری ها به دلیل قرار گرفتن در بافت مسکونی، غیر مجاز به حساب آمده و پروانه شان تمدید نشده است. از همین رو تعدادی غیرفعال شده و تعدادی دیگر به ریختن جوجه رنگی مشغول شده اند که اگرچه غیرقانونی است اما نیازی به مجوز ندارد. به گفته امیری، 11 مرغداری تخم گذار در شهر داریم که ظرفیتشان در مجموع به 300 هزار قطعه مرغ می رسد و میزان تولید روزانه شان 15 تن می باشد. دو باب مرغداری نیز تبدیل به مرکز پرورش بوقلمون شده و بقیه نیز به تولید مرغ گوشتی مشغول هستند. کارشناس امور دام و طیور اداره جهاد کشاورزی با اشاره به اینکه مرغداری های خمینی شهر جمعا یک میلیون قطعه مرغ در سال تولید می کنند، گفت: البته تعدادی از مرغداری هایی که خارج از شهرستان فعال هستند نیز توسط سرمایه گذاران خمینی شهری اداره می شوند. به عنوان مثال آقایان عمادی تعدادی مرغداری در نقاط مختلف استان تاسیس یا اجاره کرده اند که سالانه یک میلیون قطعه مرغ تولید و به نقاط مختلف کشور و همچنین کشور عراق صادر می نمایند. خمینی شهری های دیگری هم در شهرهای سامان، تیران، شاهین شهر و...مرغداری هایی حتی با ظرفیت 90 هزار قطعه مرغ دارند. وی با اشاره به اینکه در خمینی شهر کشتارگاه مرغ وجود ندارد، گفت: از آنجا که کشتارگاه های فعال در استان به صورت سهامی اداره می شوند، بسیاری از سهامداران کشتارگاه های استان خمینی شهری و به ویژه کوشکی هستند. وی با اشاره به اینکه در هرمرغداری حداقل 3 نفر مشغول به کار هستند، افزود: تعداد دیگری از خمینی شهری ها درارتباط با مرغ وتخم مرغ از قبیل تامین دان و دیگر مواد مورد نیاز این صنعت نظیر پخش مرغ و تخم مرغ و فروش محصولات به مردم فعال هستند. امیری در پایان وضعیت بهداشتی مرغداری ها را به دلیل تراکم زیاد مرغ در مرغداری ها و در پی آن افزایش آلودگی، نامناسب ارزیابی کرد و آن را از جمله دلایل پایین بودن رتبه کیفی مرغداری های شهرستان در اصفهان بر شمرد.