در شهرستان خمینی شهر علاوه بر مدارس که در هر کوچه و برزن وجود دارد دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی متعددی وجود دارد که با شروع مهر کار خود را شروع می کنند.
علاوه بر دانشگاه صنعتی دانشگاه آزاد اسلامی واحد خمینی شهر به عنوان سومین دانشگاه بزرگ آزاد در استان، دانشگاه پیام نور واحد خمینی شهرموسسه آموزش عالی جهاد دانشگاهی،موسسه آموزش عالی فیض الاسلام و راغب اصفهانی و نیز مرکز دانشگاهی پالایش در سطح شهرستان فعال بوده و هزاران دانشجو را تحت آموزشی دارند.
دانشگاه آزاد اسلامی واحد خمینی شهر در حال حاضر نزدیک به ده هزار دانشجو داشته و این در حالی است که هنوز دانشجویان ورودی جدید ثبت نام نشده اند.
حدود سه هز ار دانشجو در حال حاضر در رشته های مختلف در جهاد دانشگاهی خمینی شهر مشغول به تحصیل می باشند.
دانشگاه پیام نور خمینی شهر حدود 800 نفر دانشجوی مشغول به تحصیل در رشته های خود را داردو به زودی دانشجویان جدید به آن ها اضافه خواهند شد.
به آمارهای ارائه شده تعداد دانشجویان دانشگاه صنعتی اصفهان که برای تردد از سطح شهر استفاده می کنند و دانشجویان فیض الاسلام و دانشگاه پالایش و راغب اصفهانی را باید افزود.
علاوه بر دانشگاه ها و موسسات عالی ذکر شده حوزه های علمیه خانم ها و آقایان نیز در شهرستان فعال بوده و پیشینه برخی از آنها به قبل از تاسیس دانشگاه ها و موسسات عالی فعلی شهرستان می رسد.
با توجه به تعدد دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی و حوزه های علمیه و تعداد دانشجویان آن ها خمینی شهر را باید یک شهر دانشگاهی نامید که امیدواریم اثرات مثبت خود را در توسعه و آبادانی شهر داشته باشد.