به گزارش سازمان محیط زیست استان، این نیروگاه به جهت استفاده از سوخت مازوت عمده ترین عامل آلودگی هوای خمینی شهر به حساب می آیداما این در حالی است که به گفته خزانه دار شورای شهر نیروگاه نه تنها به خمینی شهر که به هیچ شهر دیگری حق آلایندگی نمی پردازد. صالحی در این باره می افزاید: نیروگاه تا کنون مشمول عوارض آلایندگی نشده بود و به تازگی از سوی مسوولان امر تحت فشار قرار گرفته است اما با این وجود همچنان زیر بار این مساله نمی رود. مسوولان نیروگاه حتی به شاهین شهر هم که بیشترین سهم آلایندگی اش نصیب آن می شود، حاضر به پرداخت حق آلایندگی نیستند. این عضو شورای شهر در ادامه گفت: تا کنون باور بر این بود که پالایشگاه بیشترین سهم را در آلودگی هوای خمینی شهر دارد چراکه بیشترین درصد حق آلایندگی که به خمینی شهر تعلق می گرفت از پالایشگاه بود. به گفته صالحی در 8 ماهه اخیر حق آلایندگی هایی که باید ماهانه به شهر ما واریز شود به طرز عجیبی افت کرده و از ماهی 700 میلیون تومان به 40 میلیون تومان کاهش پیدا کرده است. گفتنی است اگرچه این کاهش پرداخت حق آلایندگی ها که به ادعای صاحبان این صنایع مبنی بر استاندارد شدن دستگاه ها و تجهیزاتشان، برمی گردد در همه شهرها به چشم می خورد اما به گفته خزانه دار شورای شهر در هیچ شهری به اندازه خمینی شهر این کاهش چشمگیر نبوده است.