دادگاه عمومی کیفری با حضور رئیس شعبه و در غیاب وی با دادرس علی البدل اداره می گردد و در آن وحدت قاضی حکمفرماست با ایجاد دادسرا تحقیقات و تعقیب و ... متهم بر عهده دادسرا می باشد و پس از صدور کیفر خواست موضوع در دادگاه  عمومی کیفری رسیدگی و در صورت احراز جرم، منتهی به صدور حکم مبنی بر مجازات مجرم، و در صورت حصول بی گناهی حکم بر برائت متهم صادر می گردد.

اما برخی از جرائم به علت حساسیت امر مستقیماً در دادگاه عمومی کیفری مطرح می گردند پرونده هایی که موضوع آنها جرائم مشمول حد زنا و لواط است ( بجز رجم و اعدام) همچنین جرایم اطفال مستقیماً در دادگاه های مربوطه مطرح می شود و کلیه تحقیقات توسط دادگاه صورت می پذیرد.

تعدادی از شعب دادگاه های عمومی کیفری و به تبع آن دادسرای مربوطه به تناسب امکانات و ضرورت و رعایت مصلحت برخی از مجرمین، جهت تحقیقات و رسیدگی به جرائم خاص  اختصاص یافته اند. تحصیص این شعب جهت رسیدگی به جرائم خاص به پیشنهاد رئیس کل دادگستری استان و تصویب رئیس قوه قضائیه می باشد.

از جمله این جرائم خاص میتوان جرائم اطفال ، سرقت و آدم ربائی ، صدور چک پرداخت نشدنی، جرائم صنفی ( خوراکی ، بهداشتی ، داروئی، و سایر صنوف ) جرائم مربوط به مفاسد اجتماعی ، جعل و کلاهبرداری ، جرائم کارکنان دولت را نام برد.

مهمترین مرجع تخصصی کیفری که به جرائم خاص رسیدگی می کند دادگاه عمومی کیفری رسیدگی کننده به جرائم اطفال می باشد که به علت حساسیت رسیدگی و همچنین سری بودن دادرسی و انجام کلیه تحقیقات توسط دادگاه و عدم مداخله دادسرا و تحقیق در مورد وضع مزاجی یا روحی اطفال یا ابوین او و ... دارای اهمیت ویژه ای در سیستم قضائی می باشد. منظور از طفل کسی است که به حد بلوغ شرعی ( 15 سال در پسر و 9 سال در دختر) نرسیده باشد. اما علاوه بر رسیدگی به جرائم این افراد به کلیه جرائم اشخاص بالغ کمتر از 18 سال تمام نیز ، طبق مقررات عمومی در این دادگاه رسیدگی می گردد.

رسیدگی در دادگاه اطفال با حضور ولی یا سرپرست قانونی طفل صورت می گیرد. به همین منظور در هنگام رسیدگی ، دادگاه مکلف است به ولی یا سرپرست قانونی طفل اعلام نماید در دادگاه شخصا حضور یافته یا برای طفل مورد نظر، وکیل تعیین نماید، در صورت استنکاف ولی یا سرپرست قانونی ، دادگاه اطفال برای طفل وکیل تسخیری تعیین خواهد نمود. در صورتی که نگهداری طفل برای انجام تحقیقات یا جلوگیری از تبانی ضرورت داشته باشد یا طفل ولی یا سرپرست نداشته باشد و یا تامینی جهت آزادی وی داده نشود، طفل متهم تا صدور رای و اجرای آن در کانون اصلاح و تربیت به صورت موقت نگهداری خواهد شد. آرای دادگاه رسیدگی کننده به جرائم اطفال برابر مقررات مربوط قابل تجدید نظر می باشد در صورت محکومیت و قطعیت حکم، طفل مورد نظر برای مدت معین ، جهت نگهداری به کانون اصلاح و تربیت تحویل داده می شود.